Główną afrykańską rzeką jest Nilo, która jest rekordem drugiej pod względem długości rzeki na świecie. Rodzi się w Burundi i ma dwa główne dopływy, Nil Biały i Nil Błękitny. Pierwsza przecina obszar Wielkich Jezior Afrykańskich, od Rwandy, przez Tanzanię, Ugandę i Sudan. Drugi biegnie przez Etiopię i Sudan.
W okolicach Chartumu, stolicy Sudanu, kanały łączą się i rozpoczyna się północny odcinek rzeki, która przepływa przez Sudan i Egipt. Rozwój cywilizacji egipskiej był zależny od wody rzecznej od czasów faraonów i nawet dzisiaj główne miasta kraju znajdują się w Dolinie Nilu i są od niej zależne w przypadku projektów irygacyjnych, takich jak tama Asuan. Jego usta tworzą deltę, osadzając wody w Morze Śródziemne. Jej basen hydrograficzny zajmuje około 10% powierzchni Afryki.
Drugą najważniejszą rzeką na kontynencie jest Kongo. Ma ponad cztery tysiące kilometrów długości. Jej wody i dopływy przebiegają przez drugi co do wielkości las tropikalny na świecie po Amazonii. Brazzaville, stolica Republiki Konga i Kinszasa, stolica Demokratycznej Republiki Konga, leżą nad brzegiem rzeki, która jest łatwa do żeglugi, zwłaszcza na odcinku między tymi dwoma miastami. Wypływa przez ujście do Atlantyku.
Rzeka Niger w Afryce Zachodniej również ma ponad cztery tysiące kilometrów długości. Urodziła się w Gwinei i podróżuje przez Mali, Niger, Benin i Nigerię, wpływając do dużej delty na Atlantyku. Na niektórych obszarach jest żeglowna, stając się wydajnym środkiem transportu między krajami, przez które przebiega. Bamako, stolica Mali, jest mostem na rzece nad Nigrem.
Rzeka Zambezi znajduje się na południu kontynentu. Ma nieco ponad 2500 kilometrów długości. Rodzi się w Zambii, przecinając Angolę, Zimbabwe i Mozambik, gdzie wpada do Oceanu Indyjskiego, tworząc ogromną deltę. Jej bieg jest sporadycznie przerywany przez bystrza i wodospady, dlatego jest spławny tylko na niewielkich odcinkach. Największymi przerwami w jej biegu są Wodospady Wiktorii, największe na świecie i wpisane na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO. Jej wody są również wykorzystywane do wytwarzania energii elektrycznej.
W Afryce Południowej rzeka Limpopo o długości 1600 kilometrów przepływa przez ten kraj i Mozambik ostatecznie zdeponować swoje wody na Oceanie Indyjskim.